Sebagai bentuk kerjasama dalam bidang pendidikan dan penelitian, maka prodi Magister Teknik Industri UIN Sunan Kalijaga bekerjasama dengan Universitas Pertahanan (UNHAN) dalam bentuk Joint Supervision untuk Tesis S2. Sebagai co-supervisor dari UNHAN adalah Dr. Ir. Jupriyanto, S.T., M.T., CIQaR., IPU., ASEAN Eng., ACPE Hasil dari kerjsama untuk program Joint Supervision Tesis S2 adalah tesis a.n. Chadziqatun Nazilatil Mazda dan Yusuf Saputro.